Molto probabilmente, l’inizio della storia della Chiesa di San Giovanni, coincide con il XVII sec. d.C. periodo in cui alcuni abitanti provenienti da Torraca, iniziarono ad insediarsi nelle aree della Marinella e del Timpone. Fu proprio nei primi anni del 600 che iniziarono i lavori per la costruzione della Chiesa, grazie al Barone Decio Palamolla.

Presentava un bellissimo campanile in stile romanico-gotico, tipico delle tradizioni post rinascimentali. 
A causa però dei bombardamenti durante lo scoppio della Seconda Guerra Mondiale, qui avvenuti il 15 agosto del 1943, la Chiesa fu gravemente danneggiata, anche se parte della base del campanile, rimase in piedi. 

Fu così, che da quelle basi, si iniziò a ricostruire il luogo sacro, cercando di tenere fede il più possibile a quella che era la forma originaria, modificandone alcuni aspetti. 

Soltanto nel 1953, fu riaperta al culto e restaurata, per poi ricevere un ulteriore restauro nel 1960. 

Il 24 giugno del 1981 ci fu un Decreto per l’erezione di una nuova chiesa firmato dal Monsignor Umberto Luciano Altomare, vescovo di Teggiano e Policastro Bussentino e del Cancelliere vescovile Mario Carpentieri.

La vecchia Chiesa, i cui lavori di demolizione iniziarono il 5 giugno del 2010, fu abbattuta dopo la fine della ristrutturazione della piazza che si trova davanti. 

Il 19 agosto del 2012 ci fu l’inaugurazione della nuova Chiesa che oggi si presenta così. All’interno un battistero dalla forma ad uovo, il campanile è stato rimpiazzato da uno nuovo dalle visibili trasparenze, porte laterali in vetro soffiato dai colori simbolici, il pavimento in marmo dalle tinte “perlato di Sicilia” e “rosso asiago”, un fonte battesimale imponente fatto da un unico blocco di tre tonnellate, le sculture in pietra egizia e la sedia presidenziale che ricorda i troni delle chiese medievali per la sua imponenza e dimensioni.
L’opera contemporanea è sigillata da un portale d’ingresso contrassegnato dalle simbologie di amore, speranza, vita, abbraccio e accoglienza, una donna, una Madre Santa che va incontro all’intera umanità accogliendo tutti. 

A causa dei bombardamenti avvenuti durante la Seconda Guerra Mondiale, qui a Sapri, il 15 agosto del 1943, morirono sotto le macerie, purtroppo 83 persone, di cui giovani, anziani, donne e bambini. 

Su questo avvenimento, ancora in molti si interrogano sul perché proprio Sapri; su quale fosse l’obiettivo. Forse la stazione ferroviaria, forse il porto, chi fu a sganciare le bombe, se inglesi, se tedeschi, se americani. Alcuni affermano che fossero dei B26 inglesi che avevano come bersaglio un treno fermo in stazione, carico di benzina per le truppe tedesche ormai in ritirata. Ma ancora resta tutto un mistero. 

Qui, nella piazza di San Giovanni (che oggi si presenta a forma di anfiteatro e che ospita numerosi eventi e rappresentazioni teatrali), inaugurata il 10 settembre del 2004 su progetto di Angelo Gentile, fu eretta in onore alla memoria delle vittime dei bombardamenti, una stele marmorea a forma di prisma triangolare, che reca l’iscrizione di tutti i nomi delle vittime di quel disgraziato giorno.