À côté de la basilique Santa Maria delle Grazie, l'ancien réfectoire du couvent des Dominicains est devenu un musée dédié à la « Cène » ou «Cénacle », peinte ici par Léonard de Vinci entre 1494 et 1497-98 par la volonté de Ludovic le More: un chef-d'œuvre célèbre dans le monde, une iconographie devenue partie intégrante de l'imaginaire collectif occidental. C'est pourquoi, avec la basilique, le Cénacle de Léonard de Vinci est inscrit depuis 1980 sur la liste du patrimoine mondial de l'UNESCO. L'œuvre frappe par ses grandes dimensions, par la perfection de la mise en scène en perspective et par l'extraordinaire efficacité dans la représentation des états d'âme des apôtres, qui réagissent chacun à leur manière, selon leur personnalité, à la nouvelle de la trahison de Jésus. Léonard de Vinci a réalisé la «Cène » à sec sur deux couches de plâtre, en utilisant une technique mixte innovante qui, contrairement à la fresque, permettait des retouches continues, mais qui s'est rapidement révélée instable. L'humidité du local, les aménagements du mur, les restaurations sommaires effectuées au cours des siècles ont rendu l'œuvre presque illisible, récupérée uniquement grâce à un travail minutieux qui a duré de 1977 à 1999. Pour préserver la peinture, qui reste fragile, les visites sont strictement réglementées : l'accès se fait uniquement sur réservation et le séjour à l'intérieur ne dépasse pas 15 minutes. Sur le mur en face de la « Cène » se trouve une fresque de la «Crucifixion » de Donato Montorfano, réalisée peu de temps auparavant : Léonard de Vinci l'intégra, probablement à la demande de Ludovic le More, en ajoutant les portraits des ducs de Milan et de leurs enfants, qui ont été presque entièrement perdus.