Situé à l'intérieur du parc de la villa Lanolina, un bâtiment conçu par l'architecte F. Minissi abrite le musée dont la collection est composée de pièces classées selon un critère topographique et chronologique, datant d'une période allant de la préhistoire à l'époque grecque. Ce patrimoine est en partie dû à la collection de l'archevêque de la fin du XVIIIe siècle, mais aussi à des dons et à des matériaux découverts lors de nombreuses campagnes de fouilles sur le territoire, telles que Akrai, Tapsos, Megara Hyblaea, Pantalica et d'autres. Une attention particulière est accordée au médaillon qui représente l'extraordinaire production monétaire des colonies grecques de Sicile.