Les grottes du Vatican s'ouvrent sous la nef centrale de la basilique Saint-Pierre, entre le plan de la basilique constantinienne et l'actuel. Les fouilles que Pie XII y a menées ont montré que la première basilique Saint-Pierre n'a pas été construite sur le cirque de Néron, mais sur une nécropole pré-constantinienne. Elles abritent des tombes de papes (notamment celle de Boniface VIII) et la nécropole pré-constantinienne. 

Les Grottes Nouvelles (ainsi appelées parce qu'elles sont plus récentes et ne peuvent généralement pas être visitées) se développent autour de la chapelle Saint-Pierre, construite sur le tombeau de l'apôtre et également appelée « Clémentine » car elle était richement ornée à l'époque de Clément VIII. 

Les Grottes anciennes peuvent être visitées en descendant de la basilique par l'étroit escalier situé sous l'un des piliers de la coupole et remontent à 1606, lorsque Paul V ordonna la démolition de la partie avant de l'ancienne basilique. Elles se composent de 3 nefs sous la nef médiane de la basilique du Vatican. Elles abritent les sépultures de nombreux papes qui ont voulu leur tombe à côté de celle de Saint-Pierre. Il y a la tombe de Boniface VIII, avec la figure couchée du pontife sur une urne drapée, et celles de Benoît XV, Pie XI, Pie XII, Paul VI et Jean-Paul I. Il y a aussi celles de certains souverains, dont la reine Christine de Suède et la reine de Chypre.