La petite église San Carlo al Lazzaretto, située au bout du Largo Bellintani, a été construite sur ordre de Charles Borromée à l'endroit où se trouvait un autel dédié à Santa Maria della Sanità, démoli après la peste de 1576. Elle avait un plan octogonal et se trouvait au centre du lazaret : de n'importe quel point de la colonnade, les malades pouvaient suivre les messes sans sortir de leurs cellules.

C'est l'architecte Pellegrino Tibaldi qui a construit le nouveau bâtiment : un édicule à plan central, de forme octogonale, ouvert de tous côtés. Caractérisée par une façade simple et de petites dimensions, la petite église est construite dans un style néoclassique et se distingue par sa sobriété architecturale. L'intérieur, en revanche, est décoré de fresques et de peintures représentant des scènes religieuses liées à la figure de saint Charles Borromée. En 2017, une restauration totale a été achevée, qui a ramené l'église à un état de perfection structurelle.