El Museo, que ilustra la historia de la comunidad judía florentina, se desarrolla en dos plantas. La primera sección, queriendo contar la relación entre la comunidad y la ciudad en el curso de los años, contiene ejemplares de muebles del siglo XVI al XVIII, usados para las ceremonias sinagogales, mientras que la segunda expone objetos y muebles que representan momentos y festividades significativas, como nacimientos, matrimonios o mayorías religiosas. Además, se encuentra la sala de la Memoria, dedicada a la historia de los judíos de Florencia, con documentos fotográficos y de archivo. Para completar el recorrido hay dos salas equipadas: una para las proyecciones con películas y documentales, y la otra dotada de ordenadores conectados a las principales bases de datos de museos y centros de investigación judíos de todo el mundo.