La chiesetta di S. Carlo al Lazzaretto, che si trova in fondo a largo Bellintani, fu costruita per ordine di Carlo Borromeo sul luogo in cui sorgeva un altare dedicato a santa Maria della Sanità, demolito dopo la peste del 1576. Essa aveva pianta ottagonale e stava al centro del Lazzaretto: da qualsiasi punto del colonnato i malati potevano seguire le messe senza uscire dalle loro celle.

Fu l’architetto Pellegrino Tibaldi a costruire il nuovo edificio: un'edicola a pianta centrale, di forma ottagonale, aperta su tutti i lati. Caratterizzata da una semplice facciata e da dimensioni ridotte, la chiesetta è costruita in stile neoclassico e si distingue per la sua sobrietà architettonica. L'interno, invece, è decorato con affreschi e dipinti che raffigurano scene religiose legate alla figura di san Carlo Borromeo. Nel 2017 è stato completato un restauro totale che ha riportato la chiesa a uno stato di perfezione strutturale.