Das Museum der Basilika Sant'Eustorgio sammelt monumentale und historische künstlerische Zeugnisse von großer Bedeutung für die Stadt Mailand. Besonders bedeutsam ist der frühchristliche Friedhof, der 1959-1962 unter dem Kirchenschiff entdeckt wurde. Es gibt auch den Kapitelsaal und die monumentale Sakristei, die 1565 erbaut wurde und mit Nussbaumschränken ausgestattet ist, die im Auftrag der Brüder Negroli von einem Mailänder Schnitzer bearbeitet wurden. In den Schränken befinden sich liturgische Gegenstände und wertvolle Reliquiare, die die Zuneigung und Verehrung vieler Mailänder Familien für das Dominikanerkloster dokumentieren. Einige dieser in den Archiven erwähnten Gegenstände sind leider verloren gegangen. Die Sakristei führt zur Portinari-Kapelle, einem bemerkenswerten Beispiel der lombardischen Renaissance-Architektur. Der Innenraum ist mit einem Freskenzyklus von Vincenzo Foppa aus den Jahren 1462 bis 1468 und dem Sarkophag von San Pietro Martire, einem Werk von Giovanni di Balduccio aus den Jahren 1336 bis 1339, geschmückt.